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在目前海洋水質監測技術的研究與應用中，盡管監測技術突飛猛進，不過仍存在一些問題和不足。
1、在海洋水質監測系統中，由于需要監測的指標太多，整個系統的監測工作需要通過不同類型、不同功能的設備來實現。不同設備的參數、原理、技術、成本、性能、維護和維護存在較大差異，不但為工作人員帶來了很大的工作壓力，并且設備使用也比較復雜，無法實現統一化。為實現對海洋水質的有效監測和管理，需要確保許多設備的運行穩定性，并要求定期對監測設備進行維護和維護。
2、由于監測設備的頻繁更換和性能不同，會對監測的水質數據產生一定的影響。此外，在不同時間段監測的數據在沒有統一處理的情況下連接到監測系統，導致監測數據分散，最終無法感知水質參數的濃度。
3、使用衛星遙感監測海水時，空間分辨率較低，觀測重復周期過長，且僅監測有色物質濃度的變化，存在無法監測的水體。同時，遙感水質反演模型的時空移植性能較差，對水質監測結果的準確性有一定影響。
4、目前市場上主流的海洋水質監測系統大多只注重水質數據的監測，忽視了海量數據中數據的屬性和有效信息的挖掘。
海洋水質監測技術研究是保護海洋環境、防止海洋污染的重要課題。未來的研究將主要在以下幾方面重點突破：
1、海洋監測方法和數據處理技術正在朝著綜合化及可視化的方向發展。在傳感器和通信設備日益成熟和穩定的情況下，適合海洋信息數據處理、集成和監督的軟件將逐漸興起。
2、物聯網產業的快速發展，使得信息共享越來越方便，xml技術，GIS技術、云計算服務等先進技術的應用將促進海洋信息數據的交換和共享，并使共享的速度和內容飛躍提升。
3、隨著水面和水下網絡傳輸技術的應用，高精度的水質監測傳感器將逐漸出現，海洋水質監測設備將向微觀和智能化方向發展。
4、隨著人工智能技術的快速發展，大數據挖掘技術將逐漸在水質監測領域得到普及。分析和挖掘大量的水質監測數據可以提高水質監測的速度和準確性，促進無人監測的實施，并對海洋水污染問題進行實時預警和控制決策。
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